Что означает тест FISH при раке?

Метод, а не находка

FISH расшифровывается как флуоресцентная in situ гибридизация. Видя это в вашем отчёте, вы понимаете, как лаборатория смотрела ваш образец. Она не показывает, что они увидели.

NCI описывает технику в три шага. В лаборатории изготавливаются фрагменты ДНК с флуоресцентным красителем. Их добавляют в образец клетки или ткани. В месте связывания с соответствующим геном или областью хромосомы они светятся под микроскопом особым светом.

Итак, отчёт состоит из двух частей. Метод и результат. Прочитайте вторую половину.

Что считают светящиеся точки

Каждая точка — это одно место, где зонд нашёл своё совпадение. Патологоанатом считает точки в определённом числе клеток и сравнивает итоги.

NCI утверждает, что FISH можно использовать для определения, где конкретный ген находится на хромосоме, сколько копий этого гена присутствует и любых хромосомных аномалий. Эти три способа соотносятся с тремя ответами, которые вы, вероятно, увидите:

• дополнительные копии, сообщаются как усиление.
• отсутствующие копии, отчитываются как удаление или утрата.
• участки двух хромосом, соединённых вместе, о которых сообщается как перестройка или слияние.

Филадельфийская хромосома — классический пример последнего. NCI описывает её как часть гена ABL1 на хромосоме 9 отлому и прикреплении к гену BCR на хромосоме 22.

Там, где всё будет заказано

FISH появляется там, где конкретное, известное изменение решает что-то.

Она проявляется в отчётах по раку молочной железы с учётом копий HER2. Она проявляется в исследованиях по лейкемии и лимфоме, где слияния определяют подтипы. Она проявляется при саркоме, когда одна перестановка может определить, с каким типом опухоли вы имеете дело. В отчётах о костном мозге он часто указывается вместе с полным количеством хромосом.

В каждом случае кто-то выбирал зонд до запуска теста.

То, что РЫБЫ сознательно не видят

Это ограничение, которое стоит понять, потому что оно объясняет, почему следуют новые тесты.

Зонд связывается только там, где его собственная последовательность совпадает. Зонд HER2 ничего не говорит о других генах. FISH также считывает номер и позицию копии, а не последовательность по буквам, поэтому не найдёт небольшой точечной мутации.

Нормальный результат FISH означает одно: конкретное изменение, которое искал зонд, не было найдено. Это не чистый признак генетического здоровья.

Как это сочетается с другими тестами

В рекомендациях FISH часто сочетаются с пятном, а не выбирают между ними.

В тестировании на рак молочной железы HER2 рекомендации ASCO и Колледжа американских патологоанатомов устанавливают двойной зондовый подход, сравнивающий копии HER2 с хромосомами 17 референсом. Для менее распространённых моделей подсчёта требуется проверка окраски вместе с подсчётами, прежде чем будет назначен окончательный положительный или отрицательный результат.

Более широкие секвенирующие панели обычно проводятся отдельно и отчитываются позже. NCI также перечисляется цитогенетический анализ, который учитывает целые хромосомы и ищет поврежденные, отсутствующие, переставленные или дополнительные хромосомы.

Что означает статус HER2? (на английском) охватывает условия рака груди. Тестирование биомаркеров и прецизионная медицина (на английском) объясняет, как эти результаты влияют на выбор лечения.

Источники

• NCI Словарь терминов о раке — FISH
• NCI Словарь терминов о раке — амплификация генов
• NCI Словарь терминов о раке — Филадельфийская хромосома
• Wolff AC и др. Тестирование HER2 при раке молочной железы: обновление клинических рекомендаций ASCO/CAP. Arch Pathol Lab Med. 2018;142(11):1364-1382
• [National Cancer Institute — Тесты и процедуры, используемые для диагностики рака (https://www.cancer.gov/about-cancer/diagnosis-staging/understanding-lab-tests-fact-sheet)